این مرکز در دهه ۱۳۳۰ بعنوان مرکز مسلولین در خارج از شهر تهران ساخته و به بهره برداری رسید. پس از تغییرمشکلات بهداشتی جامعه این مرکز بعنوان بیمارستان جنرال و عمومی به فعالیت خوددر حیطه آموزشی و درمانی ادامه داد.
بیمارستان بوعلی با از دانشگاه شهید بهشتی با دو هدف ارتقای کیفی آموزش در حوزه پزشکی و اهتمام به خدمات درمانی و تحقیقاتی توسط دانشگاه آزاد علوم پزشکی تهران خریداری شد.
روند تجهیز آزمایشگاه با خرید پیشرفته ترین دستگاههای آزمایشگاهی و تحقیقاتی در فرایندی منطبق با پیشرفتهای مهندسی پزشکی تا کنون ادامه داشته بطوریکه با جذب محققان مجرب این بیمارستان بعنوان یکی از مجهزترین مراکز آموزشی و تحقیقاتی پایتخت شناخته شده است.
تلاش دانشگاه برای توسعه و افزایش کیفیت بخشهای متعدد جزء اهدافی است که بصورت مستمر ادامه خواهد داشت.